| (Freeaware) Programm zur Fragmentgößenbestimmung |
| DMR | 2009-01-01 17:42:58 |
Profil | Hallo zusammen,
ich bin auf der Suche nach einem (freeware) Programm zur möglichst exakten Bestimmung der Fragmentgröße in Agarosegelen.
Kann mir da jemand weiter helfen?
Dank Euch! | | acribio | 2009-01-12 14:17:07 |
Profil | Hallo!
Dass du die Länge der Bande nicht genau kennst müsste ja bedeuten, dass du die Sequenz noch gar nicht kennst. Dann wäre natürlich eine Sequenzierung der Bande erforderlich! Was nützt dir die Länge der Bande, wenn die Sequenz unbekannt ist.
Also die exakte Bestimmung von Fragmentgrößen aus Agarosegelen,
das kann man nicht ernsthaft als Methode empfehlen. Es gibt reichlich Ungenauigkeiten, Salzkonzentrationen und die Intensität der Bande, Temperaturen von Gel und Puffer (diese ändern sich teilweise sogar während der Laufzeit des Gels...) - die Menge an Ethidiumbromid / Cyber-Orange. All das verändert die Laufhöhe einer Bande. Und selbst wenn man diese Banden von der Länge genau Bestimmen könnte, was ist gewonnen? Die Sequenz müsste man zusätzlich bestimmen.
| | DMR | 2009-01-26 22:18:03 |
Profil | Hi,
danke für deine Antwort. Das ist mir alles schon klar. Und natürlich habe ich auch sequenziert....
Es geht darum PCR-RFLP Gele auszuwerten....
Vielleicht zur Erklärung: ich habe ein ca. 750 bp langes Fragment amplifiziert. Wenn ich dieses direkt sequenziere bekomme ich aber nur ca. 650-700 bp ausgespuckt. Für eine exakte Bestimmung müsste ich das Produkt klonieren und dann sequenzieren (das ist aber nicht für über 100 Sequenzen möglich -> kein Geld und Kosten/Nutzen nicht gegeben)....so, dieses Produkt wird dann verdaut mit einem bestimmten Enzym...anhand meiner Sequnzen die ich habe kann ich auch sehen wo ungefähr das Enzym schneidet und wie groß die Fragment sein müssten (leider aber ja nur für den sequenzierten Bereich -> "Anfangs" und "End" Fragment sind in der regel um eine unbekannte bp Zahl länger....
Ich möchte jetzt aber gerne die Gele auswerten um grobe Richtwerte zu bekommen.
Vielleicht ist mein Problem jetzt etwas deutlicher geworden.
| | acribio | 2009-01-29 18:03:09 |
Profil | hm ... und von "hinten" sequenzieren? Müsste doch auch gehen?
Na alle diese Programme zur Fragmentgrößenbestimmung waren
a) recht teuer und
b) nie vom Institut / Firma gekauft wegen a)
c) mit geringem Nutzen.
| | DMR | 2009-01-31 19:38:12 |
Profil | Hi, ich sequenziere von hinten und von vorne...der "anfangs-Primer-Bereich" ist wohl schwer zu lesen folglich ist die Sequenz am Anfang und Ende schrottig....aber dieses Problem lässt sich ja über eine Klonierung in den Griff bekommen....Naja, ich bin jetzt auch schon fündig geworen....zwar kein Freeware Programm aber egal...die Firma zahlt ja ;-)
...naja, ich denke der Nutzen ist schon da, vielleicht nicht direkt zur Größenbestimmung aber um z.B. SSCP, AFLP, DGGE-Gele auszuwerten.... | | acribio | 2009-01-31 20:06:31 |
Profil | [quote]Hi, ich sequenziere von hinten und von vorne...der "anfangs-Primer-Bereich" ist wohl schwer zu lesen folglich ist die Sequenz am Anfang und Ende schrottig....[/quote]
ah! Ich verstehe - stimmt
man könnt natürlich auch einen Primer aus der Mitte bestellen. Aber du hast ja jetzt dein Programm....
Welches ist es denn?
Viel Erfolg mit Deiner Arbeit!!
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