Fehlende 5'-Bereich bei cDNA-Herstellung, wieso?

Fehlende 5'-Bereich bei cDNA-Herstellung, wieso?
Kassiopeia	2010-07-12 11:13:06
Profil Beitrag #1 •	Hej, ich hoffe ihr könnt mir zu o.g. Frage weiterhelfen. Ich zerbreche mir den Kopf über die Ursache, auch Google spuckt nichts aus, ausser der Tatsache, dass oft Bereiche am 5'-Ende der cDNA fehlen. Soweit mir bekannt ist, wird doch ein Primer verwendet, der am Poly-A-Schwanz ansetzt, somit wäre der 5'-Bereich doch abgedeckt?!.... Wär dankbar über Erklärung Gruß
acribio	2010-07-18 22:45:15
Profil Beitrag #2 •	Das 5'- Ende der cDNA entspricht dem 3' -Ende der ursprünglichen RNA? Ist das die Antwort? Andere mögliche Erklärungen: Am Genanfang sitzen häufig Bereiche die nicht zum exprimierten Protein translatiert werden und nur zur Expressionssteuerung vorhanden sind (Promotoren) Gene können recht lang werden, sodass oft die cDNA-Synthese nicht ganz vollständig ist => es fehlen dann am Anfang Sequenzen. Zwischen Stop-Codon und dem Ende der mRNA, also dem Poly-A-Schwanz können seeeehr viele Basen liegen, die natürlich kein Protein mehr codieren. So kann die cDNA Synthese schwierig bzw. unvollständig werden, da viele überflüssige Sequenzen amplifiziert werde, oder es sind Sequenzen, die ebenfalls zur Expressionssteuerung zusammen mit den Promotoren störende Schleifen bilden.
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