Chip-PCR |
| Olga | 2009-01-21 18:03:24 |
Profil
Beitrag #1 • | Hallo!
Ich mache zur Zeit eine On-Chip-PCR in einem Silizium-Chip (3µl-Volumen) und bekomme nicht reproduzierbare Ergebnisse. (Parallel zu der Chip-PcR werden die Proben zur Kontrolle auch immer im Tube gecycelt), d.h. obwohl die Tube-PCR positive Ergebnisse liefert, liefert die Chip-PCR negative. Es besteht eine Vermutung, dass entweder das Templat oder das Enzym (oder auch beide:)) mit der Oberfläche reagieren und dementsprechend keine Amplifikation zustande kommt (also, keine Bande auf dem Gel zu sehen). Ich habe viele Methoden ausprobiert um die Chipoberfläche zu blockieren:
wie z.B siliconizing agents: SigmaCote, SurfaSil, AquaSil, PEG-8000
sowie BSA, PVP-40, PEG-8000 in verschiedenen Konzentrationen direkt in die PCR-Lösung hinzugegeben, und alles ohne Erfolg.
Für einen Ratschlag wäre ich euch sehr dankbar!!! | | acribio | 2009-01-22 12:20:09 |
Profil
Beitrag #2 • | Hallo Olga,
ich hoffe sehr, dass sich hier jemand findet, der dir helfen kann, denn mit Chip-PCR kenn ich mich nicht aus.
Aber ich will doch mal eine Idee vorbringen.
| Es besteht eine Vermutung, dass entweder das Templat oder das Enzym (oder auch beide:)) mit der Oberfläche reagieren |
|
Da würde ich nämlich nicht vermuten. Siliziumoberflächen
würde ich so aus dem Bauch heraus als relativ inert ansehen, (kann mich natürlich auch irren). Vielleicht lässt sich ja das PCR-Programm nicht soo einfach mit einer PCR im Tube vergleichen...
Na vielleicht bekommst du ja noch den einen oder andern Tipp - Viel Glück | | Sandra | 2009-02-03 16:19:49 |
Profil
Beitrag #3 • | Hallo ebenfalls! Also ich habe sehr viel Erfahrung mit on-Chip-PCR. Allerdings benutzen wir überwiegend Glas-Chips. Diese sind mit Silanen beschichtet, die zu einer geringen Benetzung der Chip-Oberfläche mit der PCR-Lösung beitragen. Ein Beispiel ist Repel-Silan. Wenn die gleiche Reaktion auf dem Chip nicht reproduzierbar ist, dafür aber im Tube und der gleiche PCR-Ansatz verwendet wurde, könnte es auch sein, dass beim Aufbringen der Lösung auf den Chip Verunreinigungen hineingekommen sind. Ein anderer möglicher Grund wäre eine schlechtere Wärmeübertragung am Chip (vor allem bei kurzen Reaktionszeiten). | | Beiträge 1 bis 3 von 3 angezeigt. |
