Schwierigkeiten bei der PCR-Sequenzierung - Schwierige Basensequenz |
| Karin | 2007-12-19 09:32:33 |
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Beitrag #1 • | Ich habe ein PCR-Fragment (nur eine schöne Bande!) mit 800B. Nach ungefähr 200B kommt eine
repetitive Sequenz von 10T und ein C, und das drei Mal hintereinander, gefolgt von 30Ts
und dann eine sehr GC reiche Region (150B). Bei der Sequenzierung dieses PCR-Fragmentes
komme ich nicht über die T reiche Sequenz hinweg. Abbruch ! Ich vermute, dass das
PCR-Fragment eine Mischung von Fragmenten mit verschieden Zahlen an Ts ist. Wie könnte
ich die PCR machen , damit mir die Sequenzierung dieses Fragments gelingt, ohne das ich
es clonieren müsste. Oder wie könnte ich die Sequenzierung machen, damit über diesen
Bereich rüber komme. Bisher habe ich zuerst eine "normale" Sequenzierung mit BigDye
(A.B.I.) und mit den PCR Primers durchgeführt. Danach habe ich sie mit Betain
und mit einer Annealing Temp. von 45°C wiederholt. Immer daselbe! Abbruch nach der
zweiten repetitiven Sequenz (10T undC) und vor den 30 Ts. Vielleicht können Sie mir
einen Rat geben!
Vielen Dank im Voraus Karin. | | acribio | 2008-02-14 13:26:55 |
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Beitrag #2 • | Hm - Einziger Rat, den ich geben könnte:
Einfach mal 2-5% DMSO in die PCR geben. Vielleicht auch mal 10%...
(ohne Garantie) | | Beiträge 1 bis 2 von 2 angezeigt. |
