RNA degradiert? |
| Nana84 | 2010-08-05 16:46:58 |
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Beitrag #1 • | Hey
hab RNA aus Bakterien isoliert und die Konzentration sowie Reinheitsgrad am Photometer bestimmt (OD260,280,230 und 320). Alle Werte waren super, auf dem Agarosegel sah es allerdings echt bescheiden aus. Dachte dann, RNA wäre degradiert (leichter Schmier, sah aber eher nach fast vollständig abgebaut aus) und hab noch mal gemessen, da waren die Werte aber wieder in Ordnung. Auch das zweite Gel (hab es dann noch mal mit einem PA-Gel versucht) sah ähnlich aus. Hab es nur kurz laufen lassen, um eine während des Gellaufs auftretende Degradierung zu vermeiden. Bin ein wenig verwirrt. Wenn die RNA im Tube hin ist, sollte ich doch im Photometer nicht so gute Werte bekommen, und wenn die RNA ok ist sollte sie - zumindest Erfahrungsgemäß - nicht so schnell abgebaut werden, dass man schon nach wenigen Minuten nichts mehr sieht...
hat jmd. schon mal ähnliche Erfahrungen gemacht? | | acribio | 2010-08-06 15:08:35 |
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Beitrag #2 • | Hallo Nana84
gute RNA ist das A und O! Also so wie du es beschreibst:
| leichter Schmier, sah aber eher nach fast vollständig abgebaut aus |
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Siehts nicht gut aus und
das ist die wichtigere Kontrolle als die Photometerwerte.
Möglich ist natürlich auch, dass die RNA im Tube noch gut ist, und die RNA "nur" beim Kontrollgel abgebaut wird. Aber da musst Du natürlich sicher sein, dass das nicht der Fall ist, also die Gelkontrolle selbst muss auch astrein sein.
| Wenn die RNA im Tube hin ist, sollte ich doch im Photometer nicht so gute Werte bekommen |
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Wenn die RNA im Tube hin ist, dann bekommst du natürlich die Absorbtionswerte DER NUKLEOTIDE und die ist gar nicht mal sooo viel anders als die von zusammenhängender RNA, also Vorsicht.
| und wenn die RNA ok ist ...sollte sie - zumindest Erfahrungsgemäß - nicht so schnell abgebaut werden |
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lol :D
Du meinst wohl: Eine gute RNA hälts aus, und um eine schlechte ists nicht schad!? :D
Gute RNA ist genausowenig immun gegen Abbau, wie schlechte.
Nimm nie schlechte RNA - mach einfach nur gute :-)
Photometerwerte bei RNA sind oft für die Katz, die hängen auch oft von der Präparationsmethode ab, also phenolisch oder mit störenden Salzen. Vertraue am Besten nur auf das Gel und nimm die Photometerwerte ausschließlich zur Mengenberechnung.
Wenn z. B. in jedem RNA Strang 10 Brüche sind, dann ist sogar die Photometerratio noch okay, aber die RNA ist eigentlich hin.
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