Promoter Promotorsequenz eines bestimmten Gens analysieren |
| Barbara | 2009-06-30 13:28:29 |
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Beitrag #1 • | Hallo,
ich soll den Promoter eines best. Gens analysieren, weiss aber nicht genau wie ich an die Promotersequenz komme.
Hat vielleicht jemand einen Tipp?
Habe schon die Gensequenz in ncbi nachgeschaut, aber die Region vor dem atg scheint mir zu kurz zu sein.
Vielen liebn Dank schon mal!!!
Barbara | | acribio | 2009-07-05 22:23:08 |
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Beitrag #2 • | Hallo Barbara,
deine Frage ist für mich relativ schwer zu beantworten. Ich bin aber dran.
Habt Ihr denn überhaupt einen Klon, der die Promotor-Sequenz enthält?
Ich meine ohne Klon ist es doch nicht wirklich hilfreich Untersuchungen anzustellen, oder?
| | Barbara | 2009-07-07 11:31:40 |
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Beitrag #3 • | Hallo,
also, nein wir haben kein Klon. Wir konnten das Protein mittels Immuncytochemie in Zellen nachweisen. Jetzt soll ich den Promoter des Gens analysieren und nach responsiven sites und interessanten Dingen schauen, um mehr über dieses Gen bzw. Wechselwirkungen zu erfahren.
Vielen Dank schon mal für deine Antwort!!!
Ich bleibe auch dran...
Viele Grüße
Barbara | | acribio | 2009-07-08 11:24:14 |
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Beitrag #4 • | Hallo Barbara,
Deine Aufgabe ist vermutlich in der Datenbank nach der Promotorsequenz schauen und den Promotor nach bereits bekannten Promotorbindungsstellen/-proteinen abzusuchen.
Eine Klonierung ist sicher eine schwierigere Aufgabe, zu der man sich an einen richtigen Molekularbiologen wenden sollte, aber das ist ja vermutlich gar nicht die Aufgabe. Früher hat man sich hierzu "am Gen entlang gehangelt" ( chromosomal walking ), aber da gibt es heute sicher neuere Methoden, das Genom ist ja jetzt bekannt.
Für die Transkriptionsfaktoren gibt es Datenbanken. (Unten ist eine Arbeit verlinkt, in der sowas erwähnt ist)
Eine guter Ausgangspunkt für deine Datenbankrecherche ist vielleicht diese Seite:
http://www.bioinformatik-wegweiser.de/Transkriptionsfaktoren.html
Hier sind mehrere Transkriptionsfaktor-Datenbank bereit mit Abfrage verlinkt.
Die dort erwähnten:
http://www.gene-regulation.de/
http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess?RQ=SEA-FR-Query
http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html
http://biotools.umassmed.edu/cgi-bin/biobin/tfscan
http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/
Weitere Quellen:
http://de.wikipedia.org/wiki/Transkriptionsfaktor
Die Arbeit:
http://geb.uni-giessen.de/geb/volltexte/2000/277/
Vielleicht hilft dir das :-) | | Barbara | 2009-07-08 14:24:28 |
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Beitrag #5 • | Hallo,
vielen Dank für die tollen Links und Deine Hilfe!!!
Ja, genau, ich soll in der Datenbank nach der Promotorsequenz schauen und den Promotor nach bereits bekannten Promotorbindungsstellen/-proteinen abzusuchen.
Das habe ich auch gemacht, aber die Promotorsequenz erscheint mir zu kurz (86 Basen).
Ich dachte, vielleicht hat jemand einen Tipp, auf was man dabei achten muss (ich habe die Seuquenz aus ncbi).
Viele Grüße Barbara | | acribio | 2009-07-09 15:03:54 |
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Beitrag #6 • | noch ein Tipp!:
Ich meine mich zu erinnern, dass Promotor-Sequenzen NICHT unmittelbar in der Nähe vom eigentlichen Gen sein müssen!
Wenn ich mich richtig erinnere, dann kann die Promotorsequenz bzw. Transcriptionsfaktorbindungsstelle u.U. mehrere tausend Basenpaare vor dem eigentlichen Gen sein oder sogar HINTER dem Gen!!
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